Erra menjalin hubungan cinta bersama aktor dan penyanyi rock, Awie setelah sama-sama membintangi filem Sembilu. Mereka melangsungkan pertunangan pada 1996 sebelum akhirnya putus tunang dengan episod kontroversi pada hujung 1998.[15] Awie kemudiannya berkahwin dengan penyanyi muda Arni Nazira Anuar pada Disember 1998.[16][17]

Erra kemudiannya bercinta dengan penyanyi kumpulan KRU, Yusry bin Abdul Halim setelah sama-sama menjalani sesi fotografi majalah pada 2001.[18]

Erra Fazira diijabkabulkan dengan Yusry pada 15 Jun 2003 di Masjid At-Taqwa, Taman Tun Dr Ismail, Kuala Lumpur. Pada 16 Jun 2006, perkahwinan mereka disahkan berakhir apabila Yusri mengaku di hadapan hakim syari'e bahawa beliau sendiri melafazkan talak satu kepada isterinya pada 26 April 2006 di kediaman mereka.[19][20]

Pada Jun 2007, beliau sekali lagi menjadi fokus episod kontroversi apabila beliau menjadi subjek cerita orang ramai apabila aktor Hans Isaac mengumumkan dia sudah tidak bercinta dengan Erra.[21] Sebelum itu, baik Erra mahupun Hans; masing-masing menafikan mempunyai ikatan cinta. Kisah itu terus panas apabila Ketua Pegawai Operasi Suria FM, Engku Emran Engku Zainal Abidin dikaitkan sebagai punca keretakan hubungan Erra dan Hans.[22]

Perkahwinan di antara Erra dan Emran pada Oktober 2007 menamatkan spekulasi media. Bekas ratu cantik sebelum itu sah menjadi tunangan Engku Emran dalam satu majlis sederhana di kediamannya di Damansara Kim pada 7 September 2007. Setelah hampir dua tahun menjalani kehidupan tanpa suami, Erra Fazira akhirnya selamat diijabkabulkan dengan Emran di Restoran Puteri. Hanya senaskah al-Quran sebagai hantaran perkahwinan.

Pada Mac 2009, Erra dan Emran dikurniakan cahaya mata bernama Engku Aleesya. Pun begitu, kisah anak sulung Erra ini menjadi bualan media apabila Erra dikatakan menyorokkan anaknya daripada media selama tempoh berpantang. Pada majlis cukur jambul Aleesya, Erra mengumumkan beliau dan suami serta anak akan muncul dalam rancangan realiti Gugu Gaga Erra sekaligus menjadikan Erra sebagai artis Malaysia pertama yang menjalani rancangan realiti mengenai anak sulungnya.

Pada 17 Februari 2014, Erra dan Emran telah sah bercerai dengan talak satu.[23]